Институт является базовой организацией Научного совета по комплексным проблемам медицины РФ 43 «Вакцинология», включающего 3 проблемные комиссии:
- 45.01 Классическая вакцинология
- 45.02 Фундаментальная вакцинология
- 45.03 Генетическая вакцинология
В рамках Научного совета по комплексным проблемам медицины РФ 44 «Вирусология» на базе института работает проблемная комиссия 44.08 «Корь, краснуха, паротит».
Деятельность Института в рамках Научного совета и проблемных комиссий направлена на координацию научных исследований и внедрение их результатов в практику.
На базе Института работает Правление Общероссийской общественной организации «Всероссийское научно-практическое общество эпидемиологов, микробиологов и паразитологов».
Председатель Правления — в настоящее время не выбран, ученый секретарь — к. б. н. Н. Н. Янова.